Iroha Tamaki arrive dans la ville de Kamihama en poursuivant un mini-Kyubey, à cause duquel elle rêverait d'une mystérieuse inconnue. Quelle est la signification de ce rêve, pourquoi est-elle devenue une Puella Magi, et que s'apprête-t-elle à trouver dans cette ville mystérieuse ?

Au fil de leur rencontre, une nouvelle histoire commence...